上司から不正を指示された。従うべき?

従ってはいけません。たとえ「上司からの指示」でも、法令に違反することは許されません。万一、不正を指示された場合は、断固として断りましょう。会社にコンプライアンス相談窓口があれば、窓口に通報しましょう。相談窓口がない場合は、上司より役職の高い人に相談してみる方法があります。
たとえ「上司からの指示」でも、法令に違反すれば、懲戒処分などの処罰を受けたり、民事・刑事上の責任を追及されたりすることがあります。許される法律違反はないことを肝に銘じましょう。